El alca gigante, un ave marina incapaz de volar, semejante a los pingüinos, que habitaba en el Atlántico Norte, fue descrita por Carlos Linneo en 1758 con el nombre de Alca impennis. «Alca» es la latinización del nombre escandinavo del alca común y de otras aves emparentadas, e «impennis» significa «sin plumas de vuelo». En 1772, el zoólogo danés Morten Thrane Brünnich consideró que la especie era lo bastante diferente del alca común como para merecer su propio género zoológico, y la rebautizó Plautus impennis; en 1791, el naturalista francés Pierre Joseph Bonnaterre acuñó el nombre Pinguinus impennis para la misma especie. Tras décadas de debates académicos, ha sido este último nombre el que se ha impuesto. Pinguinus es la latinización del nombre del ave en francés, pingouin, cuyo origen es dudoso. Según unos autores, procede de las lenguas célticas; pen gwyn en galés y penn gwenn en bretón significan «cabeza blanca», en referencia a las manchas blancas en la cabeza del alca gigante. Para otros, deriva del latín pinguis, que significa pingüe, gordo, mantecoso, por la espesa capa de grasa que envolvía el cuerpo del ave. En cualquier caso, siglos antes del descubrimiento de las aves del órden Esfenisciformes que hoy conocemos con el nombre de pingüinos, el alca gigante, que pertenece al órden Caradriformes, como las gaviotas y muchas otras aves marinas, ya recibía el nombre de pingüino en muchas lenguas europeas, incluido el español. Los primeros exploradores europeos que se encontraron con los pingüinos del hemisferio sur, los portugueses, los llamaron «pájaros bobos» o «pájaros niño» por su forma de caminar, torpe y erguida. Fueron los exploradores británicos y escandinavos, muchos años más tarde, los que comenzaron a utilizar el nombre de pingüino para estas aves por su semejanza con el alca gigante.
En el siglo XVIII, el naturalista francés Georges-Louis Leclerc de Buffon trató de evitar la confusión de llamar a dos aves parecidas, aunque no emparentadas, con el mismo nombre, y propuso usar el término manchot («manco») para las Esfenisciformes del hemisferio sur. Su sugerencia sólo cuajó en su propio país, y hoy los franceses llaman manchots a los pingüinos. En las demás lenguas, la ambigüedad se resolvió de forma mucho más trágica: el alca gigante, el pingüino del hemisferio norte, el portador original del nombre, se extinguió a mediados del siglo XIX debido a la caza excesiva a la que fue sometido por su carne, sus plumas y sus huevos, por parte del ser humano.
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